Es en 1990 que la Asamblea Nacional aprueba la Ley 89, “Ley de Autonomía de las Instituciones de Educación Superior de Nicaragua”, ésta incorpora a la Escuela Internacional de Agricultura y Ganadería de Rivas, como una de las Instituciones de Educación Técnica Superior y como tal miembro del Consejo Nacional de Universidades. Le otorga autonomía orgánica, administrativa, financiera y académica. Gaceta Diario Oficial # 77, del Viernes, 30 de abril de 1990.
La Orden de Predicadores retoma la Dirección institucional en la persona del Padre Gregorio Barreales hasta la fecha. Se nombran a las nuevas autoridades, quienes concientes de una nueva realidad y en la búsqueda de la calidad, eficiencia y pertinencia tanto institucional como académica, inician procesos de cambios con la preocupación del mejoramiento permanente de la calidad educativa que la EIAG históricamente ha ofecido.





Para la concreción de estos esfuerzos, la EIAG retoma oportunamente el proceso de Reforma que inician las universidades. Los cambios necesarios que en ese momento se dispone a realizar la Educación Superior, además de un diagnóstico efectuado en 1992 por el Ministerio de Agricultura con apoyo de FINNIDA y el IICA de Nicaragua, le sirven a la EIAG para proceder a efectuar su Proceso de Transformación Curricular. Para ello se contó en diferentes momentos con el apoyo de la Organización Panamericana de la Salud, (OPS), el Ministerio de Agricultura y Ganadería (MAG), el Instituto Interamericano de Cooperación para la Agricultura, (IICA). Es así que la Escuela efectúa un diagnóstico interno en el año 1993.
En 1993 inicia un proceso de transformación curricular participativo como producto del estudio nacional del sector agropecuario y con el propósito de asegurar calidad, pertinencia y eficiencia, se implementan los cambios curriculares que dieran respuesta a las nuevas realidades del país.
En 1994 se da inicio a una nueva carrera de carácter generalista integral, que se denomina Ciencias Agropecuarias, en el nivel de Técnico Superior con una duración de tres años. Esta se desarrolla con una estructura curricular que plantea la incorporación de los componentes de Docencia, Investigación, Producción y Extensión, definiendo ejes transversales basados en la modernización de la agricultura tales como, la seguridad alimentaria de la población, la preservación y conservación de los recursos naturales y la protección del medio ambiente.
Producto de la demanda recogida en el diagnóstico institucional de 1993, se determina la complementación a las diferentes carreras ofrecidas por la Escuela a lo largo de la historia institucional para llevar a sus egresados a obtener el nivel de ingeniería la que se organiza con duración de dos años y medio. Ésta se inicia a partir de 1996, a través de convenio con la Universidad Nacional Agraria, etapa que permitirá la preparación del personal docente de la institución para asumir a corto plazo esta responsabilidad,situación que se hace posible en julio de 1999. Es así que en el acuerdo de la sesión 04-2001 del Consejo Nacional de Universidades del 13 de Julio del año 2001, autoriza oficialmente por decisión unánime, la apertura de carreras a nivel de Licenciaturas en las diferentes ramas de las Ciencias Agropecuarias, asumiendo el proyecto de profesionalización de sus graduados como técnico superior a través del Programa de Ingeniería Agronómica.
En 1995 se crea la Unidad de Investigación y entra a funcionar a partir de 1997, con el objetivo de armonizar la ciencia, la tecnología y la sociedad. En el proceso de investigación participan estudiantes, docentes y productores. Para el mes de noviembre de 1997 se constituye la Unidad de Extensión Rural con la orientación de brindar asistencia técnica a los productores, capacitarlos en el manejo de cultivos y transferir tecnologías apropiadas en correspondencia a su medio ambiente y desde luego a organizarlos para trabajar en comunidad. En 1999 se crea el Módulo de Agroindustria vinculado a la producción agroindustrial especialmente de carne, lácteos, frutas y hortaliza, con un fuerte componente de género.
La Reforma Universitaria Nacional trajo consigo la necesidad de una Planificación Estratégica, el cual se efectuó a través de procesos participativos que permitieron definir un horizonte de tiempo de cinco años para el desarrollo del primer plan y la elevación del Técnico Superior a nivel profesional por el Consejo Nacional de Universidades
Se inician a la vez etapas de diagnósticos institucionales, los cuales aplicando los métodos CIPP y FODA le permiten descubrir sus fortalezas, debilidades, amenazas, brechas y oportunidades, comenzando el desarrollo de una cultura de auto evaluación, especialmente entre los docentes. Son hitos en la historia de la Escuela, el diagnóstico realizado en 1992, de cara a los cambios del contexto y las reformas universitarias; en 1995 la evaluación del nuevo currículo puesto en vigencia en 1994, y la evaluación del Primer Plan de Desarrollo Estratégico realizada en el año 2001 en el marco de la celebración del cincuentenario de la Escuela, y la autoevaluación institucional en los años 2002 y 2004 .